1、审查代理人有无进行调解的明确授权。授权委托手续中授权范围没写明“进行调解”的，如进行调解须当事人补充授权或调解后当事人明确追认授权。同时，由于调解书双方当事人签收即生效，因此调解书必须送达给有权接收的代理人或当事人本人签收。此司法程序虽属常识，但是，在实践中，当事人以上述两种程序违法为由申请再审、申诉的调解案件占一定比例。
2、关于可不制作调解书的情形。我国民诉法第90条规定了几种情形的案件经调解达成协议的，可以不制作调解书。对该协议应当记入笔录，由双方当事人、审判人员、书记员签名或者盖章后，即具有法律效力。为了推动人民法院民事案件调解工作的进一步开展和取得更好的司法、社会效果，最高人民法院于2004年8月18日通过了《关于人民法院调解工作若干问题的规定》，该规定第13条规定，当事人各方同意在调解协议上签名或者盖章后生效，经人民法院审查确认后，应当记入笔录或者将协议附卷，并由当事人、审判人员、书记员签名盖章后即具有法律效力。当事人请求制作调解书的，人民法院应当制作调解书送交当事人。我们认为，无论是依据民诉法第90条还是最高法院上述规定第13条进行调解的民事案件，为了避免产生歧义或当事人事后反悔挑剔法院办案程序违法，此类调解应有几方面问题需向当事人明示并记入笔录备查。一是“你方是否同意本调解协议经各方当事人签字或者盖章后生效”。如同意，“该协议经合议庭评议审查确认，合议庭成员、书记员签名或者盖章后即发生法律效力”。二是“调解协议发生法律效力后可不制作调解书，如你方要求制作，法院制作调解书后只需送交给你们。如果当事人拒绝签收，不影响调解协议的效力”。三是“如义务方不履行该生效的调解协议，另一方有权持调解书或调解协议向法院申请执行，法院将依法强制执行”。
3、审查当事人的经济状况。如果当事人之间发生的经济往来，如借款次数多，数额巨大，而出借方当事人经济状况一直很一般，甚至很窘迫，那么法官则有理由怀疑双方借贷关系的真实性，如前述制造假债权债务达成调解欲参与执行分配的假案，再审就通过对包括债权人经济状况、“借款”的具体情况、当事人对法院审理的态度等多因素判断审理认定的。为了避免错误调解案的发生，还可以进行必要的相关调查。
4、审查当事人之间达成协议内容是否利益失衡。作为民事纠纷，当事人各方极力维护自身利益，尤其是合法利益属常态。如果轻易处分，甚至损害自身利益，使协议内容利益明显失衡的，如前述案例，把装修完毕的房屋抵顶所欠装修费，有的债务人主动提出给巨额利息等，法官则不能轻易确认这样的调解协议。
5、审查当事人对相关权益、财产有无处分权。只有权利人才能处分自身的财产权益，这是民事法律的基本原则。一般情况，除善意取得等法律明确规定外，无权处分人处分他人财产权益的行为当然无效。如某租赁纠纷案，法院审理期间被告法定代表人被撤职，只是该决定未通知法院，被撤职的法定代表人则与原告达成了严重损害企业利益的调解协议。该调解书程序实体皆不当而提起再审。又如某自然人欠他人巨额债务，在诉讼中达成调解协议，该债务人以其已投入到某有限公司的房产抵债，因该房产的所有权人为公司，而非债务人，此处分当然无效，该案因公司提出异议而再审。综上，无论是法律规定还是司法实践的要求，法官对当事人之间达成的民事调解协议内容进行合法性等审查都是必须的。审查需要具备几个前提：
一是克服民事案件能调解处理体现法官裁判水平高，只要能调解其内容当事人自主处分，法官可不予过多干预的心理。对当事人达成的调解协议内容合法性审查，既是法官的职权，也是法官的法定义务。
二是克服片面追求调解，尤其是案件较复杂，证据较多，争议大，事实难以准确认定的案件判决畏难心理。法官不能拒绝裁判，而且无论是调解还是判决，法律均规定应在查清案件事实的基本上进行。对于疑难复杂的民事案件，法官能自如驾驭法庭审理，根据证据规则，自身丰富的自然、社会、常识知识等，正确认定案件事实，准确适用法律，作出公正的判决也当然能体现出法官的高超裁判水平。
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