员工在公司签订的劳动合同违反了内容怎么办

1、“乙方在劳动合同的服务期限内提出辞职，须提前一个月提交书面申请书，经公司领导批准两日后办理交接手续”（首先要判定乙方在提出辞职时的具体原因，根据《劳动法》第三十二条的规定“有下列情形之一的，劳动者可以随时通知用人单位解除劳动合同：
（一）在试用期内的；
（二）用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动的；
（三）用人单位未按照劳动合同约定支付劳动报酬或者提供劳动条件的。”
因此首先要对乙方在劳动合同服务期内提出辞职的实际原因，再做判定，不能一概而论。
2、甲方反复提到“如乙方违约，要赔偿甲方为其缴纳的社保费用”
社保费用是企业在雇佣职员时必须为职员支付的社会保障，《劳动法》第一百条规定“
用人单位无故不缴纳社会保险费的，由劳动行政部门责令其限期缴纳；逾期不缴的，可以加收滞纳金。”
因此，要判定员工违约的真正原因，才能判断违约职员是否要赔偿甲方，不是甲方这种随便在合同中约定了，乙方违约就一定要赔偿甲方。

“须提前一个月提交书面申请书”的约定违法：劳动者提前一个月递交辞职书的，不需要向单位申请，也不需要单位批准，这是法律赋予劳动者的权力而不是用人单位给予的权力，劳动者只要尽到提前通知的义务就行，单位没有是否批准的权力。这是属于无效的。
“乙方须承担合同期限内甲方为乙方缴纳的所有社保费用”、“并承担合同期限内甲方为乙方缴纳的所有社保费用”的约定违法：缴纳社保本来就是用人单位的法定义务，用人单位没有权力将其义务转嫁到劳动者身上。这是属于无效的。
“如未征得甲方书面同意擅自离职的，视为乙方严重违约，乙方必须向甲方支付一定的违约金”的约定违法：只要劳动者提前书面通知用人单位辞职的，就不存在单位同意的说法，不需要单位同意。并且违约金的约定也违反了劳动合同法第二十五条规定，这是属于无效的。
“违约金标准按甲方擅自解除或者终止劳动合同近三个月内甲方付给乙方的平均月薪收入乘以未履行的合同期限计算（以月为准，劳动合同违反了 未履行的合同期限超过三个月的按三个月计算）”的约定违法：一方面违约金的约定本身就违法，另一方面其计算方法也是没有法律依据的。