股权代持单方有凭证合法吗

结论：股权代持单方有凭证合法。
解析：
股权代持单方有凭证合法。因为公司代持股协议是有效的。根据相关法律规定，隐名股东保护自己的合法权益，应当在代持股协议中明确双方的权利义务的关系。
法律依据：
《最高人民法院关于适用<中华人民共和国公司法>若干问题的规定（三）》第二十七条
公司债权人以登记于公司登记机关的股东未履行出资义务为由，请求其对公司债务不能清偿的部分在未出资本息范围内承担补充赔偿责任，股东以其仅为名义股东而非实际出资人为由进行抗辩的，人民法院不予支持。
名义股东根据前款规定承担赔偿责任后，向实际出资人追偿的，人民法院应予支持。
第二十四条
有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东，实际出资人与名义股东对该合同效力发生争议的，如无法律规定的无效情形，人民法院应当认定该合同有效。