合作协议书能申请劳动仲裁吗

不能，合作协议不存在劳动关系，则不可劳动仲裁。
根据法律规定，中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用《劳动争议调解仲裁法》：
(一)因确认劳动关系发生的争议;
(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议;
(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议;
(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议;
(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议;
(六)法律、法规规定的其他劳动争议。