员工获得的经济补偿金要扣个税。根据财政部、国家税务总局《关于个人与用人单位解除取得的一次性补偿收入征免问题的通知》(财税【2001】157号)：
第1条规定：“个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入(包括用人单位发放的、生活补助费和其他补助费用)，其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税;超过的部分按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》(国税发【1999】178号)的有关规定，计算征收个人所得税。”
第2条规定：“个人领取一次性补偿收入时按照国家和地方政府规定的比例实际缴纳的住房公积金、医疗保险费、基本费、失业保险费，可以在计征其一次性补偿收入的个人所得税时予以扣除。
