企业商业秘密保护战略的部署依赖科学、健全的保密制度予以实施，下列几类商业秘密的保护方式以供参考。
首先，应当通过多种方式培养员工的商业秘密保护意识。商业秘密的保护重点在于预防，应采取必要的手段使商业秘密不能泄露给非应掌握该商业秘密的任何人。所以使每个员工意识到商业秘密对企业是至关重要的无形资产，树立保密及防范意识是非常重要的。
其次，要通过建立全面的保密制度，落实企业保护商业秘密战略。对内管理领域，应当建立和健全企业商业秘密保护的规章管理制度及措施，确保秘密信息不致泄露。应当在制度管理、程序管理、人员管理等不同方面予以建制，制度和措施至少应当包括：建立企业商业秘密保护制度、设置商业秘密保护职能部门及区域、明确确定商业秘密的程序、建立载有商业秘密的文档及电子文档管理制度、内部员工管理制度、员工保密协议、竞业禁止协议、离职协议等等。
对外经营管理领域，应当在商业秘密的运用过程中，通过健全的商业秘密保护措施防止商业秘密的流失，在此过程中，应当至少建立以下制度：制订与商业合作伙伴合作开发或委托开发的商业秘密保密协议、建立企业生产、销售、物流、售后服务阶段保密制度、完善商业合同中的保密条款、制订与企业商业伙伴之间的保密协议等等。
一旦确定商业秘密的范围，那么企业就可以采取相应的措施，对这些秘密进行重点的保护，当然这也是能够帮助区分商业秘密与一般秘密的。如果发现有人侵犯商业秘密的话，则可以通过法律途径来进行维权。
