一、本罪与非罪的界限
其关键要查清行为人是否有主观罪过，是否实施了违反交通运输管理法规，违反交通运输管理法规的行为与重大交通事故另否具有因果关系等。倘若没有违法行为或者虽有违法行为但没有因果关系，如事故发生纯属被害人不遵守交通规则，乱穿马路笔造成，或由自然因素，如山崩、地裂、风暴、洪水等造成，则就不应以本罪论处。当然，事故发生并不排除可能存在多种原因或有其他介入因素，这里就更应该认真分析原因及其介入行为对交通事故发生的作用。只有查清确实与行为人的违规行为具有因果关系，则才可能以本罪论处，否则，就不应以该罪治罪而追究刑事责任。例如，行为人高速超车后突然发现前方几十米处有人穿越马路，便打方向盘试图避开行人，但出于车速过快，致使车冲入人行道而将他人压成重伤。此时，行人穿越马路作为介入因素仅是发生本案的条件，肇事的真正原因则是违章超速行车，因此应当认定行为与结果具有因果关系从而可以构成本罪。
交通肇事罪与过失破坏交通工具罪、过失损坏交通设施罪，在主观方面都出于过失;在客观方面，都造成了致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的严重后果，危害了公共安全。但它们是不同性质的犯罪，应严格划清它们之间的界限。它们之间的主要区别是：(1)前者的主体主要是从事交通运输的人员，虽然非交通运输人员也可构成该罪主体，但他们也必须是在操纵交通工具、交通设备，与交通运输人员不同的，仅是他们不具有交通运输人员身份;后者的主体为一般主体。(2)前者发生在交通运输活动过程中，严重后果是由于在交通运输活动过程中违反规章制度引起的;后者的发生与交通运输活动无关，严重后果是由于行为人在交通运输活动以外的日常生产、生活中马虎草率、粗枝大叶，不细心谨慎引起的。
三、本罪与利用交通工具故意杀人、故意伤害的界限
两者都会出现致人重伤、死亡的危害后果，但交通肇事罪中行为人对于致人重伤、死亡的危害结果的发生，表现为过失的心理态度;而利用交通工具故意杀人或者故意伤害，则表现为故意的心理态度，这是区分两者的关键所在。
四、本罪与以驾车撞人的危险方法危害公共安全罪的界限
两者都是危害公共安全的犯罪，都可能发生致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的严重后果，但两者存在明显区别：一是主观方面不同。交通肇事罪在主观方面表现为过失;以驾车撞人的危害方法危害公共安全罪在主观上表现为故意。二是客观方面的要求不同。交通肇事罪在客观方面要求行为人的违章行为必须造成法定的严重后果才构成为犯罪。
交通肇事罪与重大飞行事故罪、铁路运营安全事故罪的不之处在于，一是侵犯交通运输安全的侧重点不同。交通肇事罪侵犯的主要是公路、水上交通运输的安全，重大飞行事故侵犯的是航空交通运输的安全，铁路运营事故罪侵犯的是铁路交通运输全。二是在客观方面造成的严重后果的内容略有不同。三是犯罪主体不同。交通肇事罪的犯罪主体是一般主体，包括交通运输人员和非交通运输人员;重大飞行事故的犯罪主体只能是航空人员，包括空勤人员与地面人员;铁路运营安全事故罪的犯罪主体必须是铁路职工。
