当专利权受到侵害时，有两个选择：到人民法院起诉或者请求专利局进行处理。
选择司法保护和行政保护之前，应先明白两者之间的差异：
1、专利管理机关在处理专利侵权时，虽然有权责令侵权人停止侵权行为，并赔偿损失，但这种处理不是终局的，只要当事人有一方不服的(可能是专利权人，也可能是被控侵权人)，他在收到专利局的处理通知之日起三个月内，可以向法院起诉。只有当双方当事人对专利局的处理决定表示接受或者在规定的起诉期间内没有到法院起诉，该处理决定才算具有法律效力;法院对专利侵权的判决是终局的，其他任何机关不能改变这种判决。
2、专利局的救济手段有限，只能责令侵权人停止侵权和赔偿损失;而法院可以行使《民法通则》规定的一切民事救济手段。
3、行政处理具有主动性的优势，简便、快捷、高效;而法院则实行“不告不理”，当事人必须做好充分的诉前准备，否则将会面临证据不足的尴尬。
