北京市第二中级人民法院共有30个部门机构，其中审判业务部门19个，包括
立案庭、刑事审判第一庭、刑事审判第二庭、未成年人案件综合审判庭、民事审判第一庭、民事审判第二庭、民事审判第三庭、民事审判第四庭、民事审判第五庭、民事审判第六庭、执行局（下设执行一庭、执行二庭、执行三庭、执行指挥办公室）、行政审判庭、审判监督庭、
申诉审查庭，
劳动争议案件办公室、
国家赔偿办公室；审判综合和职能部门包括政治部、办公室、审判管理办公室、
诉讼服务办公室、研究室、监察室、法警支队、后勤服务中心等11个单位。
