所有原有股东新股东商定后，公司没进行工商变换，新股东股权可否有效有什么后遗症应怎样操作，

股权股东的权利，不需经董事会或股东大会决议，按《公司法》限定流程解决即可。
但有下列情形需慎重对待：
1、公司章程限定股东不得向股东以外的人转让股权的，而股东放弃优先买下权的，此时股东股权转让不可能，是由公司收购，还是通过临时决议认可股东转让股权，需经董事会或股东大会审议(对这一条，本人认为对股份有限公司的有权处罚的股权不能限制转让，如有限制是无效的，但对于有限公司股权转让限制是能够的)。
2、公司控制股东拟转让股权，为保护其他股东利益，公司最好进行审计、评估，以免大股东侵害其他股东情况发生，亦需董事会、股东大会对大股东进行定性、评价。
3、公司对外投资的股权欲转让的，须经董事会乃股东大会进行股权转让新股东会决议审议，作为公司大事项对待，应经审议作出决定。