但工资标准不一样,有开档案工资的,有开效益工资的,这么做单位合法吗,哪里能管这事情？

不合法。
最低工资标准里面不包含不确定的因素，比如绩效奖金，全勤奖等，因为这些是无法预测和控制的，基本工资不能低于最低工资标准。
《最低工资规定》　第十二条　在劳动者提供正常劳动的情况下，用人单位应支付给劳动者的工资在剔除下列各项以后，不得低于当地最低工资标准：
（一）延长工作时间工资；（加班费）
（二）中班、夜班、高温、低温、井下、有毒有害等特殊工作环境、条件下的津贴；（特殊津贴）
（三）法律、法规和国家规定的劳动者福利待遇等。（五险一金）

同一个公司，同一个工作岗位，同时进入的员工工资不一样，这是正常的现象。同单位同工种同时进入单位职工，是会存在工资不一样的可能性。
我国法律规定同工同酬，但这只是多种工资分配的原则之一，还有按劳分配原则，按工资水平适应经济发展原则。按劳分配是指按照劳动者提供的劳动数量和劳动质量支付相应的工资。等量劳动取得等量报酬，多劳多得，少劳少得。实行按劳分配原则，要体现奖勤罚懒，奖优罚劣，多劳多得，少劳少得。
所以，用人单位可以结合职工的劳动态度、工作质量、工作效率，对同岗位的职工工资分配进行适当倾斜，并可以根据职工表现在调整工资中分别确定调整额度。