我二叔接手了工程，想问问工程协议书中违约金的法律效应的问题

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当今社会，由于房地产开发建设在操作中有些违法或违规的现象时有发生，导致建设工程合同纠纷呈逐年递增的趋势发展，那么工程合同违约诉讼时效如何确定呢?
案例
一：
2008年1月5日，发包方与承包方签订《预应力施工劳务分包合同》一份，合同约定款项支付：预应力筋铺放完成后，发包方支付承包方合同额的50%。预应力施工全部完成后，发包方支付承包方至合同额的80%。结构验收后60日付清余款。合同签订后，承包方依约进场施工，在约定的工期内完全履行了合同义务。但是发包方未完全按照约定支付劳务费，只在2008年1月2日支付过5000元劳务费，至2012年5月7日，双方也没有对合同项下的劳务费进行结算。请问，承包方欲起诉发包方讨要劳务费，本案有没有超过法定的诉讼时效，应该如何计算?
【律师答问】
本案应属建设工程施工劳务分包合同纠纷。按合同约定劳务费分三期支付：“预应力筋铺放完成后，发包方支付承包方合同额的50%;预应力施工全部完成后，发包方支付承包方方至合同额的80%;结构验收后60日付清余款”。该合同款项支付期限清楚明确。
《民法通则》第一百三十七条规定“诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算”。按照上述规定，本案诉讼时效应从承包方权利受到侵害之日起计算。
《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》(法释〔2008〕11号)第五条规定“当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间从最后一期履行期限届满之日起计算”。根据司法解释规定，本案约定的支付期限为三期，应从最后一期债务履行期限届满之日起计算诉讼时效，所以本案诉讼时效期应从 “结构验收后60日”后起算。
本案的诉讼时效应从发包方违约时起算，发包方违约之时应是“结构验收后60日”后的第二天，诉讼时效应从此时起算，以此推定，本案已过诉讼时效。
案例
二：
甲方(某房地产公司)与乙方(某工程建筑公司)于1997年9月签订《工程施工合同》一份，合同中约定“甲乙双方在工程竣工验收后一个月内办理完毕工程结算手续”。工程已在1999年1月15日通过竣工验收，并交付给甲方投入使用，但双方并未进行工程决算，直至2009年9月乙方找甲方交涉讨要工程款，但甲方回复说已过诉讼时效，不同意支付。乙方希望通过法律途径取回未结算的工程尾款。
【律师评点】
在实务中，这样的问题并不少，对此类问题一般有如下两种观点：
第一种观点认为，该工程款未过诉讼时效。乙方完全有权向法院提起诉讼，要求甲方进行结算，支付尾款。理由是该工程款未经结算，即没有明确的金额，债权债务关系并没有最终确认，因此诉讼时效还没有开始起算。依据是最高院《建筑工程承包合同纠纷诉讼时效问题的复函》。
第二种观点认为，该工程款已过诉讼时效，已丧失了胜诉权，进行诉讼风险很大，或者说已没有意义。理由是双方已明确约定了结算的时间，并且乙方在明知的情况下10年后才提出主张，是对自己权利放弃的表现。
本人支持第二种观点，但不同意第二种观点陈述的理由。
根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第18条规定“利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：
(一)建设工程已实际交付的，为交付之日;
(二)建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日;
(三)建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。”
按此规定，本案虽未结算，但可以确定应付款之日为工程交付之日。工程交付之日或提交竣工结算文件之日均列为发包方应付款时间，并没有要求必须达到工程款结算金额明确。没有按照约定结算双方都有过错，全由一方承担有失公平。综上所述，笔者认为，乙方的诉讼请求已超过诉讼时效。
案例
三：
我公司把一项工程交由某施工企业施工，由于承包人的原因发生工期严重拖延，现在承包人向发包人提起诉讼索要工程款。请问其诉讼时效期间的起算是从合同约定的竣工时间起计算还是从实际竣工之日起计算?
【律师答问】
诉讼时效的起算也即诉讼时效期间的开始，它是从权利人知道或应当知道其权利受到侵害之日起开始计算，即从权利人能行使请求权之日开始算起。
行使请求权的前提是权利已经确定。工程款未结算，说明双方的权利义务还未确定，行使请求权的条件还不具备，诉讼时效还没有起算。工程结算后，双方的权利义务已明确，债权人对自己的权利是否受到侵犯可以做出明确的判断，因此，诉讼时效的起算点应是工程结算之日后。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十八条规定“利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：
(一) 建设工程已实际交付的，为交付之日;
(二) 建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日;
(三) 建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日”。
按照该司法解释的规定，在工程没有竣工结算的情况下，诉讼时效应分三种情况有上述三个起算点。
案例
四：
建设工程施工合同履行中，一方当事人违约，另一方当事人主张违约金，请问，诉讼时效如何计算?
【律师答问】
应当从违约行为发生之日起算。《民法通则》第一百三十七条规定：诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。相对人从违约行为发生之日起就可以知道或应当知道权利被侵害，此时起计算时效，方便且符合民法通则的规定。如果同一债务分期履行的，按照《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》(法释〔2008〕11号)规定确定诉讼时效的起算点。第五条规定“当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间从最后一期履行期限届满之日起计算”。

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你好，那个工程建设合同诉讼时效 的事，诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算”。按照上述规定，本案诉讼时效应从承包方权利受到侵害之日起计算。

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一般的合同纠纷按照民法通则的规定，诉讼时效为二年
　　几类特殊的争议，如租赁合同中延付或拒付租金的争议，保管合同中寄存物被丢失或损毁的争议的诉讼时效为一年。
　　由于合同的复杂性、地域性，因此，因国际货物买卖合同和技术进出口合同争议提起诉讼或者申请仲裁的期限为四年。
　　其他法律规定了特别时效的，依照其规定，如海商法规定的货运赔偿请求权的时效为一年。诉讼时效的起算时间，自当事人知道或者当应知道其权利受到侵害之日起计算。