现建筑公司以市政府为被告起诉至法院,法院受理,请问本案中,市政府可以作为被告吗？

你好，刘保山律师：
某市政府在99年因为水利工程建设成立建设工程指挥部（有公文），由该指挥部与建筑公司签订施工合同，实际法人为水利工程管理处，工程2000年底完工，约定的资金支付期限为2000年12月30日截止。到期未结清的余款，利息在原定基础上加倍，合同在工程款结清后终止。后因为资金紧缺，市政府筹资分别于2003年、2007年两次支付完毕工程款，但利息一直未支付。期间一切工程事宜，款项事宜由水利工程管理处与建筑公司沟通、结算。现建筑公司以市政府为被告起诉至法院，法院受理。
请问本案中，市政府可以作为被告吗？是否应该由水利工程管理处或者工程指挥部为被告（建筑公司提出工程完工，该指挥部自然撤销），若市政府为被告，该案应该如何着手应诉。谢谢！