医疗保险缴费程序如下
（一）申报受理
医保机构征缴部门受理参保单位填报的《医疗保险缴费基数变更申报表》，并要求提供以下资料：
1、医保机构规定的其他资料。
2、工资发放明细表；
3、《参加医疗保险人员增减明细表》
（二）缴费核定
1、医保机构征缴部门审核参保单位填报的缴费申报核定表格及有关资料。审核通过后，办理参保人员核定或增减手续。
2、医保机构征缴部门根据缴费申报和核定情况，为新增参保人员及时记录参保时间、当期缴费工资等信息。医保机构征缴部门根据参保单位申报情况核定当期缴费基数。
3、医保机构征缴部门根据核定的参保单位当期缴费基数、缴费费率计算应缴数额，并打印出《医疗保险缴费通知单》反馈申报单位，并以此为依据进行征收。
（三）费用征收
1、医保机构通过“收入户存款”开户银行收费，也可采取支票、现金、电汇、本票等方式收费，并开具专用收款凭证。医保机构财务管理部门每月与银行对账结算，并将到账情况反馈给征缴部门。
2、医保机构征缴部门根据财务管理部门反馈的医疗保险费缴纳情况，向申报后未足额或未及时缴纳医疗保险费的参保单位发出《社会保险费催缴通知单》。逾期不执行的，向劳动保障行政部门提供相关情况和资料，由劳动保障行政部门限期改正。
3、每月25日前，参保单位延迟缴费的，从欠缴之日起按日加收2‰滞纳金。可一次性缴一个月、一个季度、半年或一年的。按季度或按年度缴的，应从季度初或年初缴费。暂无能力缴纳的，申请缓缴，缓缴时间不得超过2个月。
（四）补缴欠费
1、参保单位根据《社会保险费补缴通知单》或补缴协议办理补缴，医保机构征缴部门予以受理，并通知医保机构财务管理部门收款。
2、破产单位无法完全清偿的欠费，医保机构征缴部门受理单位破产清算组提出的申请，审核后送稽核监督部门处理。
3、医保机构征缴部门依据财务管理部门传来的补缴欠费到账信息和稽核监督部门传来的核销信息，调整参保单位欠费信息。
4、医保机构征缴部门根据医疗保险欠费情况，建立欠费数据信息，填制《社会保险费补缴通知单》，通知参保单位补缴欠费。
5、对因筹资困难，无法一次足额缴清欠费的参保单位，医保机构征缴部门与其签订社会保险补缴协议。如欠费单位发生被兼并、分立、破产等情况时，按下列方法签订补缴协议。
（1）欠费单位被兼并的，与兼并方签订补缴协议。
（2）欠费单位分立的，与各分立方签订补缴协议。
（3）欠费单位进入破产程序的，与清算组签订清偿协议。
（4）单位被拍卖出售或租赁的，与主管部门签订补缴协议。