已经起诉工厂了，法院能否作出工伤认定判决书？

不能，工伤认定是劳动行政部门依据法律的授权对职工因事故伤害(或者患职业病)是否属于工伤或者视同工伤给予定性的行政确认行为。劳动者在工作或视同工作过程中因操作不当或其它原因造成了对人身的侵害，为了鉴定该侵害的主体而对过程进行的定性的行为。单位、职工或其近亲属一方对工伤认定结论不服的，可以选择申请行政复议或者进行行政诉讼。

根据法律规定这是不能的，现在工伤认定须向统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。在生产经营地进行工伤认定。